С 1 июня 2006 года Аэрофлот начинает выполнять второй ежедневный рейс SU805/806 Москва - Новосибирск - Москва по расписанию: вылет из Москвы в 10.10, прилет в Новосибирск в 17.00, вылет из Новосибирска в 18.20, прилет в Москву в 19.30 (время местное) ежедневно, кроме воскресных дней.

Кроме этого, Аэрофлот рассматривает возможность полетов по маршруту Москва - Новосибирск - Магадан со стыковками в аэропорту `Толмачево` для обеспечения перевозок пассажиров и грузов в Москву, а также в другие города России, ближнего и дальнего зарубежья.

В ходе состоявшихся переговоров авиакомпания ОАО `Аэрофлот-российские авиалинии` (Москва) и ОАО `Аэропорт Толмачево` (Новосибирск) наметили пути стратегического сотрудничества. Достигнута договоренность об организации в ближайшее время в аэропорту `Толмачево` сквозной регистрации транзитных пассажиров, вылетающих рейсами Аэрофлота через международный аэропорт `Шереметьево` (Москва), в связи с чем Аэрофлот установит на регистрации соответствующее дополнительное оборудование.

Аэрофлот рассматривает Новосибирск в качестве крупнейшего транспортного пересадочного узла для обеспечения полетов из Москвы в регионы Сибири, Дальнего Востока и обратно.